伊比井駅は、島式ホームを持つ交換可能駅です。また、富土海水浴場の最寄り駅ともなっています。日南線は、海沿いを日南まで向かう国道220号線とはここで別れて内陸部に入り、北郷・飫肥を抜けて日南方面に向かいます。伊比井を出ると、日南線最長のトンネル“谷之城トンネル”があります。